Development and validation of a range of endogenous controls to support the implementation of practical Taqman real-time PCR-based surveillance for fish diseases within aquaculture

The use of Taqman real-time PCR-based technology has recently become more frequent in the detection of pathogens in the aquaculture industry. This interest has necessitated the development of robust and reliable pathogen-detection assays. The development of a range of endogenous control assays to be run alongside these diagnostic assays works to further increase confidence in the latter. This study describes the design of a range of endogenous control assays based on the elongation factor 1-α (EF1-α) gene specific to a range of fish species including Atlantic salmon, Salmo salar; rainbow trout, Oncorhynchus mykiss; brown trout, Salmo trutta; cod, Gadus morhua; haddock, Melanogrammus aeglefinus; saithe, Pollachius virens; whiting, Merlangius merlangus; Norway pout, Trisopterus esmarkii; carp (family Cyprinidae), roach, Rutilus rutilus; European eel, Anguilla anguilla; and herring, Clupea harengus, as well as a number of fish cell lines. Evidence is provided of the validation of these assays for specific species, a range of tissue types and cell lines as well as an example of the potential uses of these assays.     

拟南芥HCF243蛋白参与叶绿体PSⅡ稳定调控机制的研究

核基因编码的调控因子在光系统Ⅱ（PSⅡ）的组装过程中起着关键的调控或辅助作用。已有研究证明,HCF243蛋白是一个重要的核基因编码的调控因子,推测它可能作为一个辅因子通过与D1蛋白的直接相互作用来维持后者在PSⅡ蛋白复合物中的稳定。为了探究HCF243蛋白在光抑制条件下在PSⅡ核心亚基尤其D1蛋白周转过程中的作用机制,首先利用TAIL-PCR的方法鉴定了hcf243突变体T-DNA的插入位点,并通过半定量RT-PCR对该基因（At3g15095）进行了表达模式分析,发现其表达量在叶中最高并随发育阶段逐渐上调,不同胁迫条件下的表达量也有变化。利用体内蛋白质同位素标记实验,发现hcf243突变体中D1蛋白组装到PSⅡ复合体中的速度明显低于野生型;进一步通过蛋白免疫印记分析证实,在光抑制条件下,相比野生型,hcf243突变体中PSⅡ复合物核心亚基D1降解速度显著加快,可能是造成PSⅡ复合体组装速率降低的原因。因此,通过上述实验推测HCF243蛋白作为一个辅因子,在PSⅡ反应中心D1蛋白的周转尤其降解过程中起着关键的调控作用。     

用人工合成多肽作为半抗原制备Bt Cry1Ac的单克隆抗体

为了制备Bt Cry1Ac特异性单克隆抗体(MAB),本试验从NCBI获得了Bt Cry1Ac蛋白的氨基酸序列,根据抗原性、亲水性和表位性分析选定Bt Cry1Ac特异性肽段进行人工合成,并将其偶联于匙孔血蓝蛋白（KLH）免疫动物,应用细胞融合技术制备了抗该肽段的杂交瘤细胞34株。通过ELISA和免疫印迹试验从中筛选出与Bt Cry1Ac天然蛋白产生特异性反应的单克隆抗体杂交瘤细胞株一株（6G9）。ELISA和免疫印迹试验结果显示,该克隆株所分泌的MAB能对合成肽和Bt Cry1Ac产生特异性反应,而与同源的Bt Cry1Aa、Bt Cry1Ab天然蛋白均无交叉反应。通过对转基因棉花的ELISA 检测结果表明,本试验所制备的Bt Cry1Ac单克隆抗体能够有效的区分常规棉和抗虫棉,并且能对其中的Bt Cry1Ac蛋白进行特异性的识别。     

IL-1β在鱼类皮肤免疫应答中的作用机制

正白细胞介素1(interleukin 1,IL-1)是一种重要的促炎性细胞因子,是体内调节免疫和炎症反应的中心介质,在哺乳动物中已发现11种IL-1家族成员,包括IL-1α、IL-1β、IL-1ra、IL-18、IL-1F5和IL-33等[1],目前在鱼类中只发现了IL-1β和IL-18。研究表明,IL-1β在鱼类皮肤免疫应答中起重要作     

文蛤C1q基因的克隆与表达及其重组蛋白活性的研究

利用构建的文蛤cDNA文库,克隆得到了文蛤C1q基因全长cDNA序列,该序列全长1213bp,5′UTR为316bp,3′UTR为372bp,开放阅读框长度为525bp,编码174个氨基酸。在文蛤C1q(MmC1q)蛋白中,C1q结构域与软体动物、两栖类动物和脊椎动物中的C1q结构域均具有较高的同源性。通过荧光实时定量PCR,MmC1q mRNA在所检测的各个组织中均有表达,在肝胰脏中表达量最高。在细菌感染试验中,文蛤受鳗弧菌感染后,C1q相对表达水平有明显的上升调节,注射2h,MmC1qmRNA表达量最高,为对照组的2.19倍。包含成熟肽的MmC1q cDNA片段被重组,并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,采用牛津杯法对MmC1q重组蛋白进行体外抑菌试验,但并未检测到明显的抑菌活性。     

云纹石斑鱼(♀)×七带石斑鱼(♂)杂交子一代胚胎发育及仔稚幼鱼形态学观察

以云纹石斑鱼(Epinephelus moara)♀为母本,七带石斑鱼(E.septemfasciatus)♂为父本进行种间远缘杂交,系统观察了杂交子一代胚胎及仔稚幼鱼的生长发育及形态特征。对杂交子一代的胚胎发育按卵裂期、囊胚期、原肠胚期、神经胚期和器官形成期各阶段进行观察,在水温21～22.5℃、盐度29、pH 8～8.1的海水中,整个胚胎发育过程经35 h 20min完成。根据在卵黄囊期、第二背鳍棘和腹鳍棘生长消退过程、鳞片生长、体表色素变化的不同,观察比较了胚后发育的仔鱼期、稚鱼期、幼鱼期形态特征。鱼苗培育至58 d后完成了稚鱼至幼鱼的变态:初孵仔鱼4 d以前为内源性营养(卵黄囊仔鱼);4 d后开口摄食,为外源性营养;(42±2)d基本完成变态进入稚鱼阶段,(58±4)d全身被鳞,进入幼鱼期。同时,用同一母本(云纹石斑鱼)同批卵与同种雄鱼采集的精子授精后获得的受精卵作为对照组,进行孵化和仔稚幼鱼培育,与杂交子一代进行比较,结果发现杂交子一代在仔稚幼鱼阶段生长速度快于云纹石斑鱼,与七带石斑鱼相近。     

建鲤生长激素促泌素受体1基因的特性及其与增重相关SNP位点的筛选

GHS-R基因在哺乳类为候选的肥胖和生长数量性状位点。本实验使用RT-PCR及PCR的方法,从建鲤(Cyprinus carpio var.jian)分离到2个jlGHS-R1s,称为jlGHS-R1a和jlGHS-R1b(分别简称1a和1b)。jlGHS-R1s的阅读框编码360个氨基酸,两者间相似性高达96%;另外还存在2个jlGHS-R1s的转录变体(分别简称1a’和1b’),选择性切割了翻译起始碱基后第490-680 nt的191 bp片段,该片段两端碱基分别为gt-ag,这种选择性切割导致翻译提前终止,仅翻译184个氨基酸,包括前面3个半跨膜区,这与已报道的罗非鱼等的保留内含子的转录变体不同。jlGHS-R1s的阅读框被1个内含子分隔,该内含子位于第260个氨基酸密码子的第1和第2个碱基之间,1a和1b的内含子长度分别为676 bp和885 bp。使用分段PCR在建鲤群体的1a和1b基因上共找到32个SNP位点,构建PCR-RFLP法对其中9个SNPs进行基因型检测,结果发现各种基因型在322尾建鲤中均有出现,但存在着明显的偏分布。与增重的相关分析表明,位点1a-I_C386T和1b-E1_G159T与雌雄鱼鱼种和成鱼阶段增重分别呈极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)相关,CC型和GG型个体增重最快,另外有5个位点则与其中的某阶段或者某性别的增重相关,为了确定上述所得标记的适用性,选取其中4个标记在另外7个家系共610尾鱼中检测,结果 C386T和G159T还是与增重呈极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)相关,可用于建鲤分子育种。     

转基因枳橙中GA20ox1与rol基因互作关系的研究

为分析转rol ABC基因枳橙GA20ox1基因与rol基因表达的互作关系,进一步阐释其矮化性状形成的分子机制。以转rol基因枳橙实生苗为试验材料,研究其对赤霉素的敏感反应,用荧光定量RT-PCR分析GA20ox1基因和rol基因的表达,并检测幼芽中POD酶活性和植物内源激素含量的变化。结果表明转rol基因枳橙既不属于GA缺陷型,也不属于GA不敏感型,喷施GA3能促进其茎伸长生长,但恢复不到野生型水平,幼芽中IAA（P<0.01）、GA1和GA4（P<0.05）显著降低,POD酶活性显著提高（P<0.01）。转rol基因枳橙幼芽中GA20ox1基因mRNA水平相比对照显著下调（P<0.01）。B、D系与野生型嫩茎中无明显差异,B、D系老叶中明显降低,E系中嫩茎和老叶中均明显增加。B、D和E系嫩叶中GA20ox1基因转录表达均较野生型高。在幼芽、嫩茎中,rol C基因与GA20ox1表达负相关。rol基因通过在幼芽中的高表达下调了GA20ox1基因转录表达,进而抑制了活性GAs在幼芽中的合成,顶端分生组织较低量的活性GAs限制植物茎伸长,在转rol ABC基因枳橙矮化性状建成中发挥重要作用。     

棉花八氢番茄红素脱氢酶GhPDS1基因的克隆与表达谱分析

八氢番茄红素脱氢酶(PDS)在胡萝卜素生理代谢和病毒诱导外源基因沉默中起着非常重要的作用.本研究通过同源克隆方法,分析已报道植物八氢番茄红素脱氢酶氨基酸保守区,设计筒并引物,扩增出编码棉花PDS基因cDNA中间片段.通过RACE技术成功地克隆了棉花PDS基因的全长cDNA,命名为GhPDS1(GenBank No.HQ...     

转基因抗虫棉中cry1Aa基因表达盒的序列测定和检测

从转基因抗虫棉南农6号F1中克隆了一种新的Bt基因表达盒-cry1Aa基因表达盒,与已经测定的我国转基因棉花中的cry1Ac基因和cry1Ab/Ac基因的表达盒序列比较发现,它们在Bt基因与7S UTR的连接区域存在较大差异.根据这个差异区域的序列,设计特异性引物对cry1Aa-F/cry1Aa-R,建立了cry1Aa...